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Application Note•q TOWER³ 84
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작성자 : 사이언스21 | 조회: 13 | 날짜: 2020-09-03 10:01:19

q TOWER³ 84 Real-time PCR to Measure Minute Volumes in High Throughput

Introduction
Quantitative real-time PCR을 이용한 실험 시 측정시료 Volume과 새로운 Option에 대한 요구 사항이 계속 증가하고 있다.
이를 위한 384 Well real time PCR은 Gene expression, Mutation analysis, Diagnostics까지 다양한 응용을 가능하게 한다.
384 Well real-time PCR은 미량의 시료 Detection 시, 정확성과 High-throughput을 필요로 한다. Analytik jena의 q TOWER³ 84는 Aluminum 블락재질의 384-Well로 높은 정확성(±0.1°C)과 온도 재현성(±0.15°C)을 제공 한다.

또한, 특허받은 High-performance optic으로 384-Well plate를 6초 내 Scanning 가능하다. qPCR을 이용한 분석 시에는 다양한 분석 Skill을 가진 전문가가 요구 되어지는데, 이는 특히 384-Well format의 경우 96-Well format 대비, 미량볼륨의 시료를 사용하기 때문에 볼륨조절에 대한 부분이 분석 시 중요한 부분이 된다. 미량의 시료의 경우 작은 Variation에도, Amplification에 영향을 줄 수 있어, Volume control은 매우 중요하게 다뤄져야 한다.

Material and Methods
[Material]
- Escherichia coli DNA
- Sequence-specific primer pair
- Double-concentrated innuMIX qPCR MasterMix SyGreen(Analytik Jena)
- E.coli-specific target sequence of 120 bp is amplified in real-time in the 384-well format.
- Reaction volume: 5μl ~ 20μl, 5 Replicate, Master mix
- Plate - FrameStar® qPCR plate(4 Titude)

[Methods]
- Initial denaturing - 120s, 35 Cycles
- Denaturation - 95℃, 15s
- Annealing - 58℃, 15s
- Elongation - 72℃, 30s
- Scanning - 72℃, in each cycle.
- 수동 피펫을 사용한 Manual 방법과, Automated pipetting system GeneTheatre(Analytik Jena)와 비교

A) Manual


B) Automated
Figure 3: Comparison of the automatically generated Ct values of the qPCRsoft in the q TOWER³ 84.


Results and Discussion
Reaction volume은 Volume variation의 정밀도와 재현성에 영향을 주지 않는 범위내에서 최대 2ul까지 조절이 가능함을 보여주며, 분석 시 사용된 샘플의 Ct 표준편차 값은 ±0.05에 불과했다. 이는 미량볼륨 샘플 5개 Replicate의 Ct 값 표준편차가 ±0.05에 불과하기 때문이다.
Pipetting robot을 사용한 경우 Volume 별 Amplification line(Figure 2b)의 균일한 분포를 보여주는데, 이를 통해 표준편차 값이 Manual(Figure 2a) 방법에 비해 낮다는 것이 확인 되어졌다. 즉, 384-Well high-throughput format에 Pipetting system 사용 시, 미량의 샘플에서도 재현성 있는 결과를 얻을 수 있음을 보여 주었다.

Discussion
이 테스트는 Real time PCR 분석 시, Pipetting system 사용이 메뉴얼 방법에 비해 정확성과 재현성 향상을 위해 적합함을 보여 주었다. 이는 Pipetting system 사용은 실험실에서 PCR 또는 Real time PCR 분석 시 필요한 많은 피펫팅 업무를 간소화시켜 줄 뿐 아니라, 미량의 시료 분석 시 실험자의 숙련도에 따라 발생할 수 있는 오차를 줄여줄 수 있음을 보여주었다.

Automated pipetting system의 장점: 미량볼륨에서도 정확도 높은 결과 제공.

Reference(참고문헌)
: Analytik- jena Application note
: Labo 5/2017: Kleinstvolumina im Hochdurchsatz messen
Model Name(모델명): q TOWER³ 84
The Person in Charge(담당자): Kim YeonHee
Maker(제조사): Analytik-jena
Country of Origin(원산지): Germany
e-mail: lssales@analytik-jena.kr
Data Services(자료제공): Analytik-Jena Korea


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